[ImageJ] OIRファイルをTIFFに変換する

Background

ImageJを用いてオリンパス（現 エビデント）の顕微鏡ファイルを開く方法は複数あるが、そのうちの"Open Microscopy Environment"の規格を利用したPlugin（プリインストール）を利用する方法が広く用いられている（気がする）（[1]など）。

複数のファイルを扱いやすいTIFFファイルに変換するコマンドを作成した。

Command

作成の際、基本となるコマンドとして[2]を参考にした。

//フォルダを選択
showMessage("Select Open Folder"); 
openDir = getDirectory("Choose a Directory"); 
showMessage("Select Save Folder");
saveDir = getDirectory("Choose a Directory"); 
list = getFileList(openDir);

//配列「list」の中身をチラ見
Array.show(list); 

//ループを回して全画像を順次処理する
for (i=0; i<list.length; i++){
	
	//指定した場所の画像を開く
	name=openDir+list[i];
	run("Bio-Formats Importer", "open=&name color_mode=Default rois_import=[ROI manager] view=Hyperstack stack_order=XYCZT");
	
	//拡張子よりも前側のファイル名を取得
	name = getTitle();
	dotIndex = lastIndexOf(name,".");
	title = substring(name,0,dotIndex);

	//取得したファイル名を使って、新たな拡張子tifのファイル名を作成
	newname = title + ".tif";
	
	//tifで保存
	saveAs("Tiff", saveDir + newname);

	//画像は処理が終わったらその都度閉じる
	close();
	}

Reference

[1] https://note.com/eiko_dokusho/n/ne31fd8589b63, visited on 2024/05/27.
[2] https://imagej-jisui.hatenablog.com/entry/2021/04/29/181820, visited on 2024/05/27.