PHPExcel+LibreOfficeでエクセルファイルからPDFを生成する方法がありますが、WEBアプリケーションとして実行した場合に失敗するケースがありました。
その場合、nginx(もしくはapache)ユーザーのHOMEディレクトリに.config/libreofficeディレクトリへの書き込み権限があるかどうかを確認するとうまく行く場合があります。

以下のコマンドを叩いてcreateSettingsDocumentでエラーとなっていた場合は有効のようです。

$ sudo -u nginx libreoffice5.4 --headless --convert-to pdf --outdir /tmp /tmp/phpfoobarbaz.xlsx

[Java framework] Error in function createSettingsDocument (elements.cxx).
javaldx failed!
Warning: failed to read path from javaldx

nginxユーザーのHOMEディレクトリを確認します。

$ echo ~nginx

/var/cache/nginx

そのHOMEディレクトリ配下に、設定ファイルのディレクトリを作成します。

$ sudo mkdir -p /var/cache/nginx/.config/libreoffice
$ sudo chown -R nginx:nginx /var/cache/nginx/.config

再度実行して成功するかどうか確認します。

$ sudo -u nginx libreoffice5.4 --headless --convert-to pdf --outdir /tmp /tmp/phpfoobarbaz.xlsx

convert /tmp/phpfoobarbaz.xlsx -> /tmp/phpfoobarbaz.pdf using filter : calc_pdf_Export