unicyclerによるデータの編集

開始

make file

conda create -n unicycler

conda activate unicycler

install [fastp / fastqc / bandage]

conda install -c bioconda fastp

conda install -c bioconda fastqc

conda install -c bioconda Bandage

make directory こっからunicyclerに入っててね

mkdir unicycler

cd unicycler

ファイルがgzで圧縮されてるのでそれを解く

unicycler$ gunzip G1_S41_L001_R2_001.fastq.gz
unicycler$ gunzip G1_S41_L001_R2_001.fastq.gz

fastqcで今の状況を見て、トリミングする

fastqc

・クオリティ25以下は切り捨て
・G1_S41_L001_R1_001.fastq→→→trimG1_S41_L001_R1_001.fastq.gz
　初めの２５と後ろ１０をトリム

・G1_S41_L001_R2_001.fastq→→→trimG1_S41_L001_R2_001.fastq.gz
　初めの２５と後ろの１００をトリム
　

fastp -i 1_S1_L001_R1_001.fastq.gz -I 1_S1_L001_R2_001.fastq.gz -o trim1_S1_L001_R1_001.fastq.gz  -O trim1_S1_L001_R2_001.fastq.gz -e 30 -q 30 -l 20 -3 -M 30 -T 1 -t 1 

unicyclerのインストール

conda install -c bioconda unicycler

unicyclerでデータ処理してもらう。それをOutputs1_dirというディレクトリに入れてもらう

unicycler -1 trimG1_S41_L001_R1_001.fastq.gz -2 trimG1_S41_L001_R2_001.fastq.gz -o outputs1_dir

Bandageで、つながったか見てみる

Bandage

以上

いいサイト

chacking gene qality by FASTQC

fastqc

disccuss which point should be removed
https://olvtools.com/documents/fastqc

cut bad qality place by Fastp

(this time)
R1_001 cut 1-20, 215-301
R2_001 cut 1-20, 195-301

fastp -i G1_S41_L001_R1_001.fastq.gz(fail_name) -I G1_S41_L001_R2_001.fastq.gz \
-o G1_S41_L001_R1_001.fq.gz -O G1_S41_L001_R2_001.fq.gz \
-h report.html -j report.json -q 30 -t 1 -T 1 -l 20 -w 8

-3 ：3’側のトリミングを許可
-q ：指定QVを下回ったらカット
-n ：Nを指定数だけ許容
-l ：トリミング後に長さが指定長さ以上なら許容。以下ならそのリードを捨てる
-t ：read1末尾を指定した数だけ削る
-T ：read2末尾を指定した数だけ削る
-w ：CPUのスレッド数
–detect_adapter_for_pe ：ペアエンドの際のadapterトリミング
-i or -I : input file
-o or -O : output file]