Eclipseマーケットプレイスからプラグインがインストールできずハマったのでメモ。STS以外でも発生する現象かもしれません。
環境
Elipse4.6Neon pleiades All in One
SpringToolSuit(STS) for Eclipse 3.8.4.Release
事象
「リポジトリー (URL略) に接続できません」とか「(URL略).jar のリポジトリーを読み取ることができません。」とかメッセージが出てプラグインのインストールに失敗します。
しかもEclipseが勝手に解決手段を探し始めちゃうのでインストール→解決手段を探しています・・・→エラーが発生しましたまで２時間くらいかかったりとかします。
原因
マーケットプレイスに接続する時にネットワーク接続の設定がバグるらしい。
Eclipse側のネットワーク設定を修正する必要があります。無論リポジトリが落ちてる可能性は低いです。
対処１. ネイティブ接続をマニュアル接続にする（解決）
ウインドウ→設定→一般→ネットワーク接続
アクティブ・プロバイダーをネイティブからマニュアルに変更します。ほかは何もいじらずOKします。
eclipse.exeと同じフォルダにあるeclipse.exe -clean.cmdを叩いてクリーン起動を行い再インストールを行います（クリーン起動をしてからでないと相変わらず失敗する）。
自分はこれで解決しました。
対処２. All in Oneではなく本家Eclipseを使う（未検証）
All in Oneの初期設定のせいでネットワーク接続が釣られておかしくなっちゃう説
これで解決してる人もいるようですが試してません。対処1がダメなら試す価値はあるかもしれません。
対処３. リポジトリURLの再確認
マーケットプレイス経由でインストールすると起き得ないのですが、「新規ソフトウェアのインストール」から自力でリポジトリを指定している場合には確認を行ったほうがいいかもしれません。