TL;DR

準備物

1． (username).github.ioリポジトリを作成する

僕のGitHubユーザー名はs4kr4なので、リポジトリ名はs4kr4.github.ioとなる。

作成したリポジトリ：
s4kr4/s4kr4.github.io

2．リポジトリ直下に適当なindex.htmlを放り込む

……HTMLファイルですらないただのテキストファイルだが、この時点でhttp://s4kr4.github.io/にアクセスしてページを見ることができるようになっている。

3．リポジトリの [Settings] > [GitHub Pages] > [Custom domain] にカスタムドメイン名を入力

4．ドメインを取得したサービスでDNS設定

DNS設定で以下2つのIPアドレスを指すAレコードを作成する。

s4kr4.comを取得したムームードメインでの設定例

DNSが反映されるのを待ち、http://s4kr4.com/にアクセスすると、先程と同じページを見ることができる。
また、元々のURLであるhttp://s4kr4.github.io/にアクセスしても、http://s4kr4.com/にリダイレクトされるようになっている。