ScanSnap IX500で指定した保存先にファイルが保存できない事象がありました。
メーカーのQ&Aサイトには同様の事象は存在せず、サポートに問い合わせて解決しました。
デフォルトの設定だと同じ事象が発生するので、同じく困っている人の参考になれば。。

事象

指定した保存先にファイルが保存できない。
C:\Users\＜ユーザ＞\OneDrive\ScanSnap下に保存されてしまう。

原因

「クイックメニューを使用する」にチェックが入っているとこのような動作になるそうです。

以下の手順で解決します。

(*1)「クイックメニューを使用する」のチェックを外すとそれまでの設定がクリアされるので全タブの設定をやり直す必要があります。