webpackをセッティングしてJSファイルを２つ用意してnpm run devを実行した時に以下のエラーが出ました。

error.sh

ERROR in main
Module not found: Error: Can't resolve './src' in

これはsrcディレクトリの中にモジュールが見つかりませんでしたという内容です。

そこでルートに置いてしまっていた２つのJSファイルを./src/*.jsのような形でsrcディレクトリの中に入れてnpm run devを実行したところdistディレクトリが作成されmain.jsが生成されていました。

これはおそらくwebpackの仕様で、デフォルトでsrcディレクトリ内のファイルを吸い上げ、distディレクトリにまとめて吐き出すという形なのだと思います。

同様のエラーに遭遇した方はお試しください。