タイトル通りの罠にはまったので書きます

通常ViewBindingはActivityやFragmentの最初にinflateもしくはbindするだけなので問題は起こらないでしょうが、常時必要ではないモジュールにviewだけを渡して内部で再bindしている箇所があり、そこにViewStubを追加したことで問題が発生しました。

ViewStubを含むレイアウトを扱う際に、以下のようにinflate後にViewBindingへbindしようとすると

val binding = HogeBinding.bind(view)
...
binding.viewStub.inflate()
...
HogeBinding.bind(view)

NullPointerExceptionが発生してクラッシュしてしまいます。

Caused by: java.lang.NullPointerException: Missing required view with ID: com.example.myapplication:id/view_stub

ViewStubの仕組みを考えれば当然ではあります、
ViewStubのinflate()の実装は以下のようになっていて、replaceSelfWithView()で自分をViewParentから削除し、inflateしたViewに入れ替えます

    public View inflate() {
        final ViewParent viewParent = getParent();

        if (viewParent != null && viewParent instanceof ViewGroup) {
            if (mLayoutResource != 0) {
                final ViewGroup parent = (ViewGroup) viewParent;
                final View view = inflateViewNoAdd(parent);
                replaceSelfWithView(view, parent);

                mInflatedViewRef = new WeakReference<>(view);
                if (mInflateListener != null) {
                    mInflateListener.onInflate(this, view);
                }

                return view;
            } else {
                throw new IllegalArgumentException("ViewStub must have a valid layoutResource");
            }
        } else {
            throw new IllegalStateException("ViewStub must have a non-null ViewGroup viewParent");
        }
    }

    private void replaceSelfWithView(View view, ViewGroup parent) {
        final int index = parent.indexOfChild(this);
        parent.removeViewInLayout(this);

        final ViewGroup.LayoutParams layoutParams = getLayoutParams();
        if (layoutParams != null) {
            parent.addView(view, index, layoutParams);
        } else {
            parent.addView(view, index);
        }
    }

ViewBindingはbindしたときにそのレイアウト内に存在するすべてのViewIdを捜し、フィールドに保持します。そのとき、一つでも見つからないViewがあればNullPointerExceptionを発生させます。
inflate()が実行された時点でこのViewStubがViewTreeから削除されてしまうため、再度bind仕様とすると、ViewStubに該当するViewが見つからず、NullPointerExceptionが発生してしまうのですね。

また、inflateされるレイアウトのRootViewにViewStubと同じIDをつけている場合、同じIDのViewに置き換わりはしますが、ViewStubのインスタンスではなくなっていますので、ClassCastExceptionが発生することになります。

これはViewStubに限ったことではなく、動的にViewを削除するようなことをしている場合、同様の問題が発生します。
ViewBindingはレイアウトのinflate以降、Viewの構造が変化した後にbindすることがないように注意しましょう。

以上です。