参考にしたサイト
YAMの雑記帳様
http://y-anz-m.blogspot.com/2013/05/support-package-fragment.html
対処法
一度frameLayoutのみのxmlをsetContentViewでセットしてそこを基準にfragment遷移していく。
[main_fragment.xml]
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<LinearLayout
    xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"
    xmlns:app="http://schemas.android.com/apk/res-auto"
    android:layout_width="match_parent"
    android:layout_height="match_parent"
    >
    <FrameLayout
        android:id="@+id/container"
        android:layout_width="match_parent"
        android:layout_height="match_parent"
        app:layout_constraintBottom_toBottomOf="parent"
        app:layout_constraintLeft_toLeftOf="parent"
        app:layout_constraintRight_toRightOf="parent"
        app:layout_constraintTop_toTopOf="parent" />
</LinearLayout>
[MainActivity.java]//oncreate内
 @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.main_fragment);
        CalendarFragment calendarFragment = new CalendarFragment();
        //FragmentManagerをセット
        FragmentManager fragmentManager = getSupportFragmentManager();
        FragmentTransaction transaction = fragmentManager
                .beginTransaction();
        transaction.addToBackStack(null);
        transaction.replace(R.id.container, calendarFragment);
        transaction.commit();
}
これで透過や重なりを防げる。
