PHP 5.3.6 以降の場合は、PDO に charset パラメータがあるのでそれで指定する。

services.php などで、

use Phalcon\Db\Adapter\Pdo\Mysql as DbAdapter;
:
$di->set('db', function() use ($config) {
  $dbAdapter = new DbAdapter([
    'host' => 'HOST',
    'username' => 'USERNAME',
    'password' => 'PASSWORD',
    'dbname' => 'DBNAME',
    'charset' => 'utf8'
  ]);
  :

PHP 5.3.6 より前の場合は、お手軽に SET NAMES utf8 で一応対処できる。(このやり方はよろしくないことが起こることがあるらしいがちゃんと調べてない)

use Phalcon\Db\Adapter\Pdo\Mysql as DbAdapter;
:
$di->set('db', function() use ($config) {
  $dbAdapter = new DbAdapter(array(
    'host' => 'HOST',
    'username' => 'USERNAME',
    'password' => 'PASSWORD',
    'dbname' => 'DBNAME',
    'options' => array(
      \PDO::MYSQL_ATTR_INIT_COMMAND => 'SET NAMES utf8'
    )
  ));
  :