titlesecパッケージを使ってセクションの大きさを自在に変更することができます。
プリアンブルに
\usepackage{titlesec}
を追加し、その下に
\titleformat*{\section}{\large\bfseries}
と記入するだけです。
\newcommand を使ってサイズを再定義する方法もありますが、こちらの方がよりシンプルに記述できます。
記述例
section.tex
\documentclass{jarticle}
\usepackage{titlesec}
\titleformat*{\section}{\Large\bfseries}
\titleformat*{\subsection}{\normalsize\bfseries}
\begin{document}
\section{セクション}
\subsection{サブセクション}
\end{document}
参考サイト
Change size of section, subsection, subsubsection, paragraph and subparagraph title