今回はCaImAn(Python版)のインストールからdemo用のnotebookを実行するところまでの手順を説明していきます。(github: https://github.com/flatironinstitute/CaImAn)
実行環境
- ubuntu 22.04 LTS
- pyenv (python version管理用)
- mambaforge (新しくインストールする場合はminiforgeを推奨)
- CaImAn v1.11.3
- Visual Studio Code
(ubuntu 24.04でも動くとは思いますが、動作確認はしておりません。)
環境構築
ubuntuとVisual Studio Code(VScode)がinstallされていることを前提に進めさせていただきます。windowsユーザーはwsl2でubuntuをinstallしてください。
pyenvのinstall
pyenvの依存関係のパッケージのinstall
sudo apt update
sudo apt install build-essential libssl-dev zlib1g-dev \
libbz2-dev libreadline-dev libsqlite3-dev curl git \
libncursesw5-dev xz-utils tk-dev libxml2-dev libxmlsec1-dev libffi-dev liblzma-dev
pyenvをgithubからclone
git clone https://github.com/pyenv/pyenv.git ~/.pyenv
パスを追加
echo 'export PYENV_ROOT="$HOME/.pyenv"' >> ~/.bashrc
echo 'command -v pyenv >/dev/null || export PATH="$PYENV_ROOT/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
echo 'eval "$(pyenv init -)"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
pyenvの動作確認(version情報が出れば良し)
pyenv --version
miniforgeのinstall
pyenvでinstallできるminiforgeのバージョンを検索
pyenv install --list |grep miniforge
一番下に表示されたバージョンをinstallする(バージョンは適宜変更)
pyenv install miniforge3-23.11.0-0
CaImAnのinstall
開発用のディレクトリに移る
ディレクトリがない場合は以下のコマンドで作成・移動
mkdir dev && cd dev
CaImAnのcloneと環境構築
git clone git@github.com:flatironinstitute/CaImAn.git
cd CaImAn/
pyenv local miniforge3-23.11.0-0
mamba env create -f environment.yml -n caiman
source activate caiman
pip install -e .
caiman managerのinstall
caimanmanager install --inplace
homeディレクトリ下にcaiman_dataディレクトリが追加されます
次はcaiman_dataディレクトリにあるdemo用のnotebookを実行してみます
caiman_dataディレクトリ内のdemoを実行
VSCodeでnotebookを開く
cd ~/caiman_data/demos/notebooks
code .
VSCode上でdemo_pipeline.ipynbを開く
RUN all をクリック、python環境(CaImAn)を選択するとnotebookは実行される
次回
次回はCaImAnのパラメータ設定や実践的な運用方法などについて説明していこうと思っております。なにかご質問や間違いがありましたらコメントよろしくおねがいします。(時間があるときにもう少しわかり易いように修正したいと思っています)