まず、メールでダンロードしたファルダーをunzipしてください。（SSSP_precision_pseudos、pt）
ohtakaのhomeにはいてください。windowsの場合は、teratermで登録してください。
cd ~
cd /QE/q-e
メールでダンロードしたSSSP_precision_pseudosをwinscpでこのファルダーに移動してください。
cd SSSP_precision_pseudos
pwd
pwdで出てきたのはSSSP_precision_pseudosのpathです。メモしてください。
cd ../bin
ls
pw.x neb.x pp.xがあるかを確認してください。
pwd
pwdで出てきたのはpw.xのpathです。メモしてください。
次はtest計算のファルダーを作成する。
cd ~
mkdir qe_test
cd qe_test
メールでダンロードしたptをwinscpでこのファルダーに移動してください。
ptファルダーに行って、計算のinput fileを確認してください。
qeのinput fileのパラメータの設定方法は以下のwebsiteで確認してください。
https://www.quantum-espresso.org/Doc/INPUT_PW.html
cd pt
vi in
先ほどメモしたSSSP_precision_pseudosのpathに変更してください。自分の場合は以下になります。(Tera termでのファイル編集/保存方法は昔のqiitaで確認してください。)
pseudo_dir = '/home/k0469/k046902/qe/SSSP_precision_pseudos'
次は実行ファイルを確認してください。
設定する方法は以下のwebsiteで確認してください。
https://mdcl.issp.u-tokyo.ac.jp/scc/system/systembinfo/manual
vi run.sh
先ほどメモしたpw.xのpathに変更してください。自分の場合は以下になります。
srun /home/k0469/k046902/qe/qe-6.7/bin/pw.x < 'in' > 'out' -npool 4
計算の実行：
sbatch run.sh
実行した計算の確認：
squeue
計算時間は大体２時間程度
計算結果の確認：
vi out
ファイルの最後には構造最適化した構造とエネルギーがあります。
Final energy = -3153.4227842196 Ry
File ./outdir/pwscf.bfgs deleted, as requested
Begin final coordinates
ATOMIC_POSITIONS (angstrom)
Pt 0.0000000000 0.0000000000 15.0000000000 0 0 0
Pt 2.9104515114 0.0000000000 15.0000000000 0 0 0
Pt 5.8209030227 0.0000000000 15.0000000000 0 0 0
Pt 1.4552257557 2.5205249453 15.0000000000 0 0 0
Pt 4.3656772670 2.5205249453 15.0000000000 0 0 0
Pt 7.2761287784 2.5205249453 15.0000000000 0 0 0
Pt 0.0000000000 5.0410498906 15.0000000000 0 0 0
Pt 2.9104515114 5.0410498906 15.0000000000 0 0 0
Pt 5.8209030227 5.0410498906 15.0000000000 0 0 0
Pt 1.4552257557 7.5615748360 15.0000000000 0 0 0
Pt 4.3656772670 7.5615748360 15.0000000000 0 0 0
Pt 7.2761287784 7.5615748360 15.0000000000 0 0 0
Pt 1.4552242136 0.8422455963 17.2807423243
Pt 4.3656752691 0.8422536489 17.2807509051
Pt 7.2761336811 0.8422417711 17.2807502723
Pt 0.0000026310 3.3627890075 17.2807441147
Pt 2.9104464857 3.3628004070 17.2807474756
Pt 5.8209048828 3.3627975852 17.2807495839
Pt 1.4552214058 5.8833126141 17.2807382289
Pt 4.3656761557 5.8833185856 17.2807440630
Pt 7.2761329707 5.8833119336 17.2807437516
Pt 0.0000018969 8.4038100890 17.2807422129
Pt 2.9104487248 8.4038194109 17.2807397896
Pt 5.8209056005 8.4038180860 17.2807454543
Pt 0.0000058498 1.6846711148 19.5051560227
Pt 2.9104432339 1.6846719084 19.5051540391
Pt 5.8209087684 1.6846614541 19.5051584596
Pt 1.4552208280 4.2052158319 19.5051520617
Pt 4.3656748480 4.2052013476 19.5051553679
Pt 7.2761375562 4.2052024296 19.5051544601
Pt 0.0000029619 6.7257212193 19.5051565770
Pt 2.9104461080 6.7257187781 19.5051467792
Pt 5.8209060118 6.7257107475 19.5051556800
Pt 1.4552262156 9.2462356844 19.5051512608
Pt 4.3656732755 9.2462260963 19.5051554385
Pt 7.2761355812 9.2462227701 19.5051600247
Pt 0.0000119070 0.0090124662 21.7863276799
Pt 2.9104434781 0.0090196450 21.7863320000
Pt 5.8209040531 0.0090131248 21.7863291221
Pt 1.4552249403 2.5295672918 21.7863217928
Pt 4.3656685296 2.5295574288 21.7863189377
Pt 7.2761431129 2.5295560233 21.7863219710
Pt 0.0000041084 5.0500834116 21.7863193425
Pt 2.9104432229 5.0500878850 21.7863101172
Pt 5.8209100247 5.0500812342 21.7863125017
Pt 1.4552282982 7.5705910154 21.7863210038
Pt 4.3656685321 7.5705891195 21.7863214277
Pt 7.2761368609 7.5705841356 21.7863279899