【備忘録】バイオインフォマティクス環境設定

【備忘録】バイオインフォマティクス環境設定(macOS Monterey 12.2.1)

「バイオインフォマティクス　〜Pythonによる実践レシピ〜」を購入して、環境構築したときのメモです。

大まかな流れは、以下の通り。
- Xcodeインストール(GUI)
- wgetインストール（コマンドライン）
- Anacondaインストール（GUI）
- condaによるインストール（コマンドライン）

condaによるインストール

Xcode、 wget、 Anaconda のインストールは省略して、condaのところだけ詳細に記載します。

まずは、conda自身の確認。

$conda install conda -y

チャネル（リポジトリ）の追加。

$conda config --add channels bioconda
$conda config --add channels conda-forge

環境構築。（biopythonは最新にして、pythonは3.8に設定）

$conda create -n bio python=3.8 biopython=1.79

環境のアクティベーション。

$source activate bio

環境上で諸々をインストール。（細かく分けているのは、どこで失敗したかを確認するため）

$conda install scipy matplotlib pip pandas cython numba -y
$conda install scikit-learn seaborn pysam pyvcf -y
$conda install rpy2 -y
$conda install r-essentials r-gridextra -y
$conda install simuPOP dendropy -y

これで設定完了です。
Anacondaを立ち上げて、bioでJupyter-Labを起動します。