【備忘録】バイオインフォマティクス環境設定(macOS Monterey 12.2.1)
「バイオインフォマティクス 〜Pythonによる実践レシピ〜」を購入して、環境構築したときのメモです。
大まかな流れは、以下の通り。
- Xcodeインストール(GUI)
- wgetインストール（コマンドライン）
- Anacondaインストール（GUI）
- condaによるインストール（コマンドライン）
condaによるインストール
Xcode、 wget、 Anaconda のインストールは省略して、condaのところだけ詳細に記載します。
######まずは、conda自身の確認。
$conda install conda -y
######チャネル（リポジトリ）の追加。
$conda config --add channels bioconda
$conda config --add channels conda-forge
######環境構築。（biopythonは最新にして、pythonは3.8に設定）
$conda create -n bio python=3.8 biopython=1.79
######環境のアクティベーション。
$source activate bio
######環境上で諸々をインストール。（細かく分けているのは、どこで失敗したかを確認するため）
$conda install scipy matplotlib pip pandas cython numba -y
$conda install scikit-learn seaborn pysam pyvcf -y
$conda install rpy2 -y
$conda install r-essentials r-gridextra -y
$conda install simuPOP dendropy -y
これで設定完了です。
Anacondaを立ち上げて、bioでJupyter-Labを起動します。