R歴1ヶ月の俺がtidyverseを使ってNDBオープンデータから尿蛋白検査の地域差を検証してみた件について #1

R for Data Science 学習記録 #2

今回からしばらく、NDBオープンデータを用いた実践形式により、R for Data Science の勉強記録をつけていこうと思います。
データサイエンスのワークフローについてHadley Wickham氏は、以下のフレームにまとめています。
Import→Tidy→(Transform→Visualize→Model)→Communicate　※()内は繰り返す

• Import: データをRStudioに読み込む
• Tidy: データをtidy dataの形にする
• Transform: 新しい変数を作ったり、統計量を計算したりする
• Visualize: ggplot2などを用いてデータを可視化する
• Model: モデルを用いてデータを検証する
• Communicate: 分析結果を他人に伝える

その1では Import から Tidy まで行います。

使ったデータ

NDBオープンデータとは

• 「NDBは、電子化されたレセプト情報並びに特定健診・特定保健指導情報によって構成されている。 レセプトとは、保険診療を⾏った医療機関が、診療報酬点数表に基づいて診療報酬（医療費）を保険者に請求するために、患者⼀⼈につき毎⽉作成する診療報酬明細書のことである。特定健診は、 医療保険者（国⺠健康保険・被⽤者保険）のうち 40 歳以上 75 歳未満の被保険者・被扶養者を対象 とする内臓脂肪型肥満に着目した特定健診、いわゆるメタボ健診の受診情報が元となっている。特定保健指導は、特定健診の受診者のうち、一定の基準に該当する者に対して特定保健指導が実施さ れ、その際の保健指導に関する情報が元となっている。」 (第3回NDBオープンデータ解説編より抜粋)
• 日本の保険診療を受けた人全員のデータを根こそぎ集めたもの！

今回は特定健診のひとつ、尿蛋白検査のデータを使ってみました

• URL: https://www.mhlw.go.jp/content/12400000/000347819.xlsx
• 尿蛋白検査は腎臓の機能不全のサインとなる検査で、-, ±, +, ++, +++の5段階で評価されます。

tidy化

tidy dataとは

tidy dataはHadley Wickham氏が提唱した、データ駆動型の解析に適したデータ管理形式。
以下のルールに従う
- 1列：1変数
- 1行 : 1観測
- 1セル : 1値
RのライブラリtidyverseはTidy Dataを扱うために最適化されている。
よってデータ前処理の最初の過程として、元データをtidy dataに加工する。

元はこんな感じ

これをtidyしていきます

どんな変数があるか

まず、tidyしたらどうなるかを考えるために、変数を整理していきましょう。
このデータには5つの変数があります。

• 性別: 男性/女性の2値変数
• 年齢: 40歳から74歳まで、5歳区切りにした7値のカテゴリ変数
• 都道府県: 47都道府県、47値のカテゴリ変数
• 検査結果: -, ±, +, ++, +++の5値のカテゴリ変数
• ケース数: 各変数の組み合わせを持つケース数。整数値をとる

ということは、2×7×47×5 = 3290の観測があるはずですから、tidy化した後は 3290 × 5のデータになりますね。

何が問題か

R4DSには、messyなデータの問題として、変数や観測が複数行/列にまたがってしまっていることが挙げられています。この場合だと、

• 性別が複数列
• 年齢が性別のサブグループとして複数列
• 都道府県が複数行

にまたがってしまっています。

Google spread sheet上での処理

勉強不足で申し訳ないのですが、このデータをtidyverseだけでtidyするのはきついです。
なので、ある程度spread sheet上で処理してしまいます。

• 都道府県のセルの結合を外し、各観測に合わせる
• 検査結果を1~5の数字に変換する
• 都道府県と検査結果に変数名Prefecture, Testを付ける
• 変数Sexを表す列を追加し、男女(M, Fで表す)を各観測に対応させる
• 年齢について、グループの中央値で代表させた列名をつける

これらの操作を行った結果が以下の通りです。

流石に年齢までマウスでやるのは大変なのでここからはtidyverseの出番です。
csv形式("UrineProtein_pretidy.csv")でdownloadします。
tidy一歩手前ということでpretidyと命名します。

tidyverseによるtidy化

ここからRStudioでの作業に入ります。
まずはtidyverseの読み込みとcsvファイルのimportから。

library(tidyverse)
pretidy <- read_csv("UrineProtein_pretidy.csv")

-- Attaching packages --------------------------------------- tidyverse 1.2.1 --
�� ggplot2 3.0.0 �� purrr 0.2.5
�� tibble 1.4.2 �� dplyr 0.7.6
�� tidyr 0.8.1 �� stringr 1.3.1
�� readr 1.1.1 �� forcats 0.3.0
-- Conflicts ------------------------------------------ tidyverse_conflicts() --
x dplyr::filter() masks stats::filter()
x dplyr::lag() masks stats::lag()
Parsed with column specification:
cols(
Prefecture = col_character(),
Sex = col_character(),
Test = col_integer(),
42 = col_character(),
47 = col_character(),
52 = col_character(),
57 = col_character(),
62 = col_character(),
67 = col_character(),
72 = col_character()
)

これをtidy化するには**gather()**メソッドを使います。
gather(data, (集約したい列名), key = "集約後の変数名", value = "値を格納する変数名")

tidy <- gather(pretidy, "42", "47", "52", "57", "62", "67", "72", key = "Age", value = "Cases")

tidy化されたtibble、tidy　が作られました。最初の読み通り、3290×5の配列になっていますね。

まとめ

tidyverseのメソッド **gather()**を用いることでデータをtidy化することができました。
今回は2変数が複数列にまたがってしまっていたため、表計算ソフト上での作業も必要になってしまいました。

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