VPC にある Security Groups を削除しようとしても
resource sg-01234567 has a dependent object
などと表示されて削除できないことがあります。いったいなにが依存してるんだよ!と言いたくなりますが、EC2 の NETWORK & SECURITY に作られている Network Interfaces が依存していることがあるようです。作られている Network Interface を削除したら Security Group も削除できました。