タイトル通り、proxy経由で社内からgithubにアクセスする方法について適当にまとめておきます。

環境

Windows7 Professional 32bit
git version 1.8.1.msysgit.1

手順

環境変数HOMEをちゃんと設定しておく。

set HOME=C:\Users\rbtnn

SSH Public キーの作成する。

ssh-keygen -t rsa -C "mail-address@gmail.com"

にて~/.ssh/id_rsaと~/.ssh/id_rsa.pubができます。

GithubにSSH Public Keysを登録する。

id_rsa.pubの内容をgithubの「Account Settings」の「SSH Public Keys」に登録してください。

~/.ssh/configに設定を記述する。

Host github.com
  User git
  Port 22
  Hostname github.com
  IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
  TCPKeepAlive yes
  IdentitiesOnly yes

proxy経由でなければ、ここまでの設定でGithubにアクセスできるはずです。
ここから先はproxy経由する場合に必須となる手順です。

~/.ssh/configにSSHの設定を追記する。

私の場合は以下のような感じになりました。proxy_url:proxy_portの部分は環境に応じて書き換えてください。
他のサイトでは、connect.exeを手に入れるためにソースからコンパイルして手に入れているみたいだけど、msysGitには普通に入っていました。

ProxyCommand C:/Git/bin/connect.exe -H proxy_url:proxy_port %h %p

Host ssh.github.com
  User git
  Port 443
  Hostname ssh.github.com
  TCPKeepAlive yes
  IdentitiesOnly yes
  IdentityFile ~/.ssh/id_rsa

Host github.com
  User git
  Port 22
  Hostname github.com
  IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
  TCPKeepAlive yes
  IdentitiesOnly yes

Host gist.github.com
  User git
  Port 22
  Hostname gist.github.com
  IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
  TCPKeepAlive yes
  IdentitiesOnly yes

.git/configのurlをSSH仕様に変更する。

rbtnn/vimrc.gitの部分は環境に合わせて書き換えてください。

 [core]
         repositoryformatversion = 0
         filemode = false
         bare = false
         logallrefupdates = true
         symlinks = false
         ignorecase = true
         hideDotFiles = dotGitOnly
 [remote "origin"]
         fetch = +refs/heads/*:refs/remotes/origin/*
-        url = git://github.com/rbtnn/vimrc.git
+        url = ssh://git@ssh.github.com:443/rbtnn/vimrc.git

 [branch "master"]
 	 remote = origin
 	 merge = refs/heads/master

以上

参考

proxy 経由で社内から github にアクセスする方法
GitHub 最初の設定 — ssh 鍵の登録