jQueryのDataTablesを使うのは、対象の<table>が<thead>と<tbody>の子を持ち、id="~"とclass="display"の属性を持たなければなりません。
なので、<asp:Table>にID="Table1" CssClass="display"を持たせ、<thead>を持たせるために headerRow.TableSection = TableRowSection.TableHeaderを設定しています。

html

<script src="http://ajax.aspnetcdn.com/ajax/jQuery/jquery-1.8.2.min.js"></script>
<script src="http://ajax.aspnetcdn.com/ajax/jquery.dataTables/1.9.4/jquery.dataTables.min.js"></script>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://ajax.aspnetcdn.com/ajax/jquery.dataTables/1.9.4/css/jquery.dataTables.css">
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.doctorsim.com/css/ui-lightness/jquery-ui-1.7.2.custom.css">
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.datatables.net/release-datatables/media/css/demo_table_jui.css">

...
<asp:Table cellpadding="0" cellspacing="0" border="0" ID="Table1" CssClass="display" style="width:980px" runat="server">
</asp:Table>
...

vb.net


' テーブルの中身をクリアにしておく。
Table1.Rows.Clear()

' テーブルにヘッダをつける。
Dim headerRow As New TableRow
Dim headerCell As New TableCell
headerRow.TableSection = TableRowSection.TableHeader
headerCell.Text = "HeaderText"
headerRow.Cells.Add(headerCell)

Table1.Rows.Add(headerRow)

' ループしながら、データをテーブルに追加していく。
While cReader.Read()
  Dim row As New TableRow
  Dim cell As New TableCell
  Dim label As New Label
  label.Text = cReader("columnName").ToString()
  cell.Controls.Add(label)
  row.Cells.Add(cell)

  Table1.Rows.Add(row)  
End While