これまでscandirにはバグがありました。
Windows環境下で、1ディレクトリに置いてあるファイル数が65535を越えると、scandir()で同じファイルが重複して出てきてしまうというものです。
こんなの気付く方もどうかしてる。
原因はREADDIR構造体のオフセットをshort型で定義していたからという、わりかし残念なものですが、
よく見てみたらこのバグが報告されたのは2006/02/11です。
で、2015/07/23に、超今さらPHP7にこの修正がマージされました。
おそらくβ3でリリースされると思います。
修正方法は単にshort型をint型になおしただけという暴挙。
これじゃあファイル数が4294967295以上で同じバグが発生しちゃうぞ！
まあそのまえにWindowsが死ぬか。
というか何故こんな1行の修正で済むバグが9年間も埋もれてて、そして何故今さらのタイミングで修正されたのか、果てしなく謎だ。