パブリックIPv4アドレスのないEC2インスタンスをNagiosで監視できるように設定します。

監視対象ホストの設定

IPv6のみを設定したEC2インスタンスを用意し、snmpdとセキュリティグループを設定します。

snmpdの設定

/etc/snmp/snmpd.conf を設定する時に、IPv4の時の設定に加えて、IPv6用の以下の設定も追加します。

agentaddress udp:161
agentaddress udp6:161
com2sec6 notConfigUser  default       public

(com2sec6の各値は、環境に合わせて変えてください。IPv4の時にcom2secに設定していたものと同じ値を設定すれば良いです。)

セキュリティグループの設定

Nagiosサーバーからの問い合わせに応えられるように、セキュリティグループを設定します。
インバウンドルールに

カスタムUDP 161
すべてのICMP - IPv6

を追加し、ソースにはNagiosサーバーのIPv6アドレスを入力します。

インターネットゲートウェイを設定していない場合は設定してください。

Nagiosサーバーの設定

元々IPv4で監視を行っていたNagiosサーバーでIPv6の監視も追加する場合は、IPv6通信もできるように設定する必要があります。
NagiosサーバーもAWSのEC2インスタンスの場合は、監視対象ホストと同様に、IPv6の設定(追加)をしてください。

ping6 監視対象ホストのIPv6アドレス

を実行して返事があれば設定できていると思います。

コマンドの設定

IPv4ホストとIPv6ホストでコマンドが違う(オプションを追加しなければならない等)場合は、IPv4用の各コマンドと同様のIPv6用のコマンドを追加します。
コマンドは、自分の環境に合わせて設定してください。
以下は設定例です。

check_ping

IPv4用

define command{
        command_name    check-host-alive
        command_line    $USER1$/check_ping -H $HOSTADDRESS$ -w 3000.0,80% -c 5000.0,100% -p 5
        }

IPv6用

define command{
        command_name    check-host-alive6
        command_line    $USER1$/check_ping -6 -H $HOSTADDRESS$ -w 3000.0,80% -c 5000.0,100% -p 5
        }

check_snmp_load.pl

https://github.com/SteScho/manubulon-snmp/blob/master/plugins/check_snmp_load.pl
最新版はIPv6に対応しています。(-Pオプションを指定)

IPv4用

define command{
        command_name check_aws_snmp_avg_load
        command_line $USER1$/check_snmp_load.pl -H $HOSTADDRESS$ -C コミュニティ名 -T netsl -w $ARG1$ -c $ARG2$
        }

IPv6用

define command{
        command_name check_aws_snmp_avg_load6
        command_line $USER1$/check_snmp_load.pl -H $HOSTADDRESS$ -C コミュニティ名 -P udp/ipv6 -T netsl -w $ARG1$ -c $ARG2$
        }

check_snmp_storage.pl

https://github.com/SteScho/manubulon-snmp/blob/master/plugins/check_snmp_storage.pl
最新版はIPv6に対応しています。(-Pオプションを指定)

IPv4用

define command{
        command_name    check_aws_snmp_disk
        command_line    $USER1$/check_snmp_storage.pl -H $HOSTADDRESS$ -C コミュニティ名 -m / -r -w 80% -c 85%
        }
define command{
        command_name    check_aws_snmp_swap
        command_line    $USER1$/check_snmp_storage.pl -H $HOSTADDRESS$ -C コミュニティ名 -m ^Swap -w 80% -c 85%
        }

IPv6用

define command{
        command_name    check_aws_snmp_disk6
        command_line    $USER1$/check_snmp_storage.pl -H $HOSTADDRESS$ -C コミュニティ名 -P udp/ipv6 -m / -r -w 80% -c 85%
        }
define command{
        command_name    check_aws_snmp_swap6
        command_line    $USER1$/check_snmp_storage.pl -H $HOSTADDRESS$ -C コミュニティ名 -P udp/ipv6 -m ^Swap -w 80% -c 85%
        }

IPv4とIPv6でコマンドが違う場合は、使用しているテンプレート等もIPv6用を追加して、IPv6のみのホストはIPv6用のコマンドを使うように設定すれば、IPv4ホストとIPv6ホストの両方を監視することができます。