事象

サブクエリにてunionAll()を使用するとSyntax Erorになる。

元になったORM

$query->where(['id in' => TableRegistry::getTableLocator()
				->get('テーブル2')
				->find()
                ->select('id')
                ->unionAll(
                    TableRegistry::getTableLocator()
                        ->get('テーブル3')
        				->find()
                        ->select('id')
                )

生成されたクエリ

SELECT * FROM テーブル 
WHERE id in ((SELECT id FROM テーブル2 )
UNION ALL (SELECT id FROM テーブル3);

(SELECT id FROM テーブル2 )

この()がなくなるとSyntax Errorではなくなる

対策

OR句を使用すること。
パフォーマンスもそんなに変わらんし、その方が素直な実装になるでしょう。
それにしてもORMとの格闘は大変だ。