id以外に貼るインデックスのことをセカンダリインデックスと呼ぶらしい。
でそのセカンダリインデックスを貼る時に関して、下記のような記述があった。

セカンダリインデックス
セカンダリインデックスを作成する: CREATE INDEX name ON table (col_list) または ALTER TABLE table ADD INDEX name (col_list)。(FULLTEXT インデックスの作成にはテーブルのロックが引き続き必要です。)
セカンダリインデックスを削除する: DROP INDEX name ON table; または ALTER TABLE table DROP INDEX name
InnoDB テーブルでのセカンダリインデックスの作成および削除では、MySQL 5.5 や InnoDB Plugin を含む MySQL 5.1 と同様に、テーブルコピー動作がスキップされます。
MySQL 5.6 以降では、インデックスが作成または削除されている間も、そのテーブルの読み取りおよび書き込み操作は可能なままです。CREATE INDEX または DROP INDEX ステートメントは、インデックスの初期状態にテーブルの最新の内容が反映されるように、そのテーブルにアクセスしているすべてのトランザクションが完了したあとでのみ完了します。以前は、インデックスが作成または削除されている間にテーブルを変更すると、通常はデッドロックが発生し、それによりテーブルでの INSERT、UPDATE、または DELETE ステートメントが取り消されました。

5.6以降であればロックしれないようですね。