MacにGROMACSをインストールするには、homebrewからコマンドひとつでできるらしい。便利。
brew install gromacs
...
gmx --version
zsh: command not found: gmx
動かないのである。
試しにもう一度インストールしてみるとリンクしろと言われる。
brew install gromacs
...
Warning: gromacs 2023.1 is already installed, it's just not linked.
To link this version, run:
brew link gromacs
その通りにやってみると
brew link gromacs
Linking /usr/local/Cellar/gromacs/2023.1...
Error: Could not symlink lib/cmake/muparser
/usr/local/lib/cmake is not writable.
/usr/local/lib/cmakeに書き込めないと言われる。
見てみると
ls /usr/local/lib -alh
...
drwxr-xr-x 3 root wheel 96B 10 16 2020 cmake
所有者がrootでwriteできないので所有者を変えます。
sudo chown -R ユーザー名:admin /usr/local/lib/cmake
ls /usr/local/lib -alh
...
drwxr-xr-x 3 ユーザー名 admin 96B 10 16 2020 cmake
もう一度リンク!
brew link gromacs
Linking /usr/local/Cellar/gromacs/2023.1... 143 symlinks created.
gmx --version
...
GROMACS version: 2023.1-Homebrew
...
動いた!
初歩的な問題だったようです。