僕はUnityでアプリ作るまえは3Dソフトを使って作品を作ってました。
Unityで自作の3Dモデルを組み込んでアプリを作りたい人向けに僕の意見を紹介します。

３Dソフトはフリーからハイエンドソフトまでピンキリですが、最初はフリーソフトから使うのがいいでしょう。メタセコイアが一番有名ですかね。
メタセコイア　　http://www.metaseq.net/metaseq/

ただしアニメーションが作れないので、Unityの物理演算で動かす事になります。
（飛ばしたり、爆発させたり）
「ぴよ盛り」が有名ですね。　　http://www.piyomori.com/

「俺のアプリは３Dアニメーションが絶対に必要！」って人は有料の３Dソフトを買った方がいいと思います。
僕のオススメはmodo601です。http://www.luxology.jp/modo/
12万8000円と買いやすい価格ながらモデリングとアニメーションはハイエンドソフトと同じくらい機能が多く、使いやすいです。
IKinemaというフルボディIK/FKシステムがあるのでアニメーションを短時間で作る事が出来ます。

12万8000円って高い！と思われるかもしれませんが、アニメーションを作るのに掛かる人件費を考えたら微々たるもんですよー。僕が前に一分間のアニメーション作成の見積もり出したら360万でした。（アニメーションだけで！）

あとソフトによってインターフェイスが全然違うので移行するときに多少苦労しますので「ずっと３Dをやってく！」と決めてる人は最初からmodo601を使うことをオススメします。

今回はソフトの選ぶ基準の内容で記事を書きました。次回はモデル制作、色塗り（テクスチャー作成）辺りの説明をしたいと思います。