numpy, scipyちょっと遅い気がするって時はblas, lapack, atlasが入っているか見直しましょう

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僕の場合はatlasのみ抜けていて、atlas入れてからビルドし直したらめっちゃ速くなった

確認方法

import numpy
import scipy

numpy.__version__ # 1.9.3
numpy.show_config() # blas, lapack, atlasと一緒にビルドされているか確認できる

scipy.__version__ # 0.16.0
scipy.show_config() # numpyの場合と同様

どのくらい速くなるのか

以下のGaP-NMFのpython版ベンチマーク(マニアックですが)で、1.75倍速くなった。コメント参照
GaP-NMF short benchmark scripts for Python and Julia.

Juliaの方が遅くなって僕は涙目です

ATLASのインストール

ubuntuの場合は

sudo apt-get install libatlas-base-dev

とすればおk