僕の場合はatlasのみ抜けていて、atlas入れてからビルドし直したらめっちゃ速くなった
確認方法
import numpy
import scipy
numpy.__version__ # 1.9.3
numpy.show_config() # blas, lapack, atlasと一緒にビルドされているか確認できる
scipy.__version__ # 0.16.0
scipy.show_config() # numpyの場合と同様
どのくらい速くなるのか
以下のGaP-NMFのpython版ベンチマーク（マニアックですが）で、1.75倍速くなった。コメント参照
GaP-NMF short benchmark scripts for Python and Julia.
Juliaの方が遅くなって僕は涙目です
ATLASのインストール
ubuntuの場合は
sudo apt-get install libatlas-base-dev
とすればおｋ