環境：OS X 10.12
良いプラグインを見つけ次第追加。実際の導入で使えるようにするところまで書きます。
atom-runner
プログラムをAtomから素早く実行。
プログラムをcontrol+RでAtom内から直接実行できるようにするプラグイン。
ファイルを保存して、ターミナルに行って、python3 file.pyと叩く手間を省けます。
注意すべきは、デフォルトでpython3ではなくpythonを実行しに行こうとしてしまうこと。これを修正するためにはAtomのConfigをいじる必要があります。
AtomのメニューからConfigを選択しましょう。
ここに、以下のように書き加えます。
"atom-runner"というセクションがありますが、ここに書くのではなく（ここに書いても効きません）、"runner"というセクションを"*":以下に自分で作ってください。
"*":
"runner":
scopes:
python: "python3"
file-icons
アイコンを見やすく。
ファイルのアイコン画像はデフォルトでは面白みのない一緒くたなものですが、このプラグインを導入すればファイルの種類に従って可愛いアイコンを付けてくれます。
gitの状態表示とごっちゃになるのが嫌なので、個人的には色をオフにしています。
一部のアイコンのみに対して使用するか、一部のアイコンをデフォルトに戻す方法を調査中。（わかる方いましたら教えていただけると嬉しいです）
close-on-left
閉じるボタンを左側に。
Macの左側閉じるボタンに慣れているなら、導入しておいて損はないでしょう。
使うときは、テーマのUIも同時に、Tab Sizingの項目を「Even」に設定しておくと綺麗に表示してくれるのでおすすめです。
remote-atom
SSH接続での開発をAtomから！
SSH接続するとき、使い慣れているAtomをエディタに編集したいですよね。そんな時のためにこのプラグイン。
READMEに従って設定すればきちんと使えるようになります。
（時間がある時にちゃんと書きます。）
color-picker
色を見てカラーコードを書く。
CSSやSASSファイルを編集する際、色を指定する時にこれがあると便利でしょう。
autoclose-html
HTMLタグを自動で閉じる。
HTMLタグを閉じるのって面倒臭いですよね。これがあれば開始タグを書き終えた時に自動で終了タグを補完してくれます。