1、まずはpowershell のインストール
https://www.microsoft.com/ja-jp/download/details.aspx?id=40855
※インストール時には再起動が必要になるので注意
2、スクリプトファイルからの実行を有効にする
管理者権限で以下のコマンドを実行
Set-ExecutionPolicy RemoteSigned
(参考:http://qiita.com/tadnakam/items/f51e03021b95eb39f34b 内の「実行ポリシーの変更」)
3、実行ファイルの作成・実行
(参考:http://yomon.hatenablog.com/entry/2014/02/02/WORD%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB(docx)%E3%82%92%E4%B8%80%E6%8B%ACPDF%E5%A4%89%E6%8F%9B%E3%81%99%E3%82%8BPowerShell%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%97%E3%83%88)
このソースコード内の
Get-ChildItem の後ろに -Recurse を追加するとディレクトリを再帰してくれる(サブディレクトリも取得)