bundle stderr: /usr/bin/env: bundle:

これはCapistorinoではsudoでコマンド実行されるが一般ユーザーにしかパスが通っていないことが原因

sudo visudo
して

Defaults secure_path = /sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/usr/local/bin

のように適宜sudoで必要なpathを追加

capistranoからnokogiriがインストールできない（またnokogiriか）

deploy.rbに
set :bundle_env_variables, { 'NOKOGIRI_USE_SYSTEM_LIBRARIES' => 1 }
を記述したら解決

こんなエラーで手詰まり中
LoadError: cannot load such file -- rails/all