AWSCLIでEC2 instance起動時に同時にタグをつける方法としては、instance起動してinstance-idを取得しておいて、パイプでつないでtagをつけたり、スクリプトの中で後でタグ付けする方法があったと思います。
http://kurochan-note.hatenablog.jp/entry/2017/01/08/220155

AWSCLI EC2 Run-Instanceのなかに--tag-specificationsというoptionが入って、run-instancesの中でタグが作成できるようになりました。地味なアップデートかもしれませんが、結構うれしいです。

instanceの詳細はjsonに記述して、下記のように指定して実行します。

aws ec2 run-instances --cli-input-json file://instance.json

EC2は山ほど設定項目があるので、generate-cli-skeltonでフォーマットを出力して、必要な項目だけ入力して、不必要なものは消すとinstanceの詳細を記述したjsonの完成です。Gitにでも入れておきましょう。
http://docs.aws.amazon.com/cli/latest/userguide/generate-cli-skeleton.html

aws ec2 run-instances --generate-cli-skeleton

Instanceの設定詳細を記述したjsonサンプル

instance.json

{
    "ImageId": "<image-id>",
    "KeyName": "<my-key>",
    "SecurityGroupIds": [
        "<my-sgid>"
    ],
    "InstanceType": "<instance-type>",
    "BlockDeviceMappings": [
        {
            "VirtualName": "Root",
            "DeviceName": "/dev/sda1",
            "Ebs": {
                "VolumeSize": 100,
                "DeleteOnTermination": true,
                "VolumeType": "gp2"
            }
        }
    ],
    "Monitoring": {
        "Enabled": false
    },
    "SubnetId": "<subnet-id>",
    "DisableApiTermination": false,
    "IamInstanceProfile": {
        "Name": "<instance-iam-role>"
    },
    "TagSpecifications":[
        {
            "ResourceType": "instance",
            "Tags": [
              {
                "Key": "Name",
                "Value": "<server-name>"
              },
              {
                "Key": "ClusterName",
                "Value": "<cluster-name>"
              },
              {
                "Key": "Application",
                "Value": "<myapp>"
              },
              {
                "Key": "CostCenter",
                "Value": "<my-cost-center>"
              },
              {
                "Key": "Environment",
                "Value": "Test"
              },
              {
                "Key": "User",
                "Value": "<user-name>"
              }
            ]
        },
        {
          "ResourceType": "volume",
          "Tags": [
            {
              "Key": "Device",
              "Value": "<device-name>"
            },
{
              "Key": "CostCenter",
              "Value": "<my-cost-center>"
            },
            {
              "Key": "backup_key",
              "Value": "true"
            }
          ]
        }
    ]
}