Mac環境を前提として書いていますが,Win環境でも同様に実行できます.
Jupyter-notebookを起動すると、設定ファイル/Users/ユーザー名/.jupyter/jupyter_notebook_config.py
中の変数c.NotebookApp.notebook_dir
で指定されたディレクトリで開始されます.
設定ファイルが存在しない場合は以下のコマンドにより生成することができます(参考: [Jupyter Notebookをインストール・設定して勉強ノート作成環境をつくる [Mac]] (https://qiita.com/sasaki77/items/bfa53828c973ba46e34d)).
$ jupyter notebook --generate-config
Jupyter notebook上で作業フォルダの移動は可能なのですが、初期ディレクトリより上の階層には移動できないはずです.(この移動方法をご存知の方がいらっしゃったらお教えいただきたいです.使います.)
そこで起動時にディレクトリを指定する次のコマンドが便利です.パスは絶対・相対いずれでも指定可能です.
$ jupyter notebook 起動したいディレクトリのパス
例えばターミナルの現在のディレクトリで起動したい場合は以下を実行します.
$ jupyter notebook ./