コード

kanri.bat

set nowtime=%time%& set nowdate=%date:/=%& (for /f "tokens=1,2,3" %%m in (kanri.txt) do set predate=%%m& set pretime=%%n& set previous=%%o) || set present=EXIT
if %previous% == EXIT echo %nowdate% %nowtime% START>>kanri.txt& exit
for /f "tokens=1-8 delims=:. " %%a in ("%pretime%%nowtime%") do set /a diff=(nowdate-predate)*8640000+(%%e0-%%a0)*36000+(1%%f-1%%b)*6000+(1%%g-1%%c)*100+1%%h-1%%d
set /a D1=%diff:~0,-2%0/10,D2=10%diff:~-2,2%%%100+100
echo %nowdate% %nowtime% EXIT (%D1%.%D2:~1,2%sec)>>kanri.txt

出力

kanri.txt

20160306  1:08:24.23 START
20160306  1:12:12.36 EXIT (228.13sec)
20160306  1:19:20.28 START
20160306  1:19:30.79 EXIT (10.51sec)

　開始から終了までの間に日をまたいでも、時間の差分はきちんと出るはずです。多分。
　月をまたいだ場合はお察し。

タイムカードとして使う場合

PC起動時にSTART記録を行い、EXIT記録とともにシャットダウンする（勤怠管理？）
　方法
　　１：出力ファイルのパスをデスクトップかなんかに変える。（任意）
　　２：バッチの最後にシャットダウンコマンドを付け足す。
　　３：スタートアップにこのバッチを突っ込む。
　　４：スタートアップ内のバッチへのショートカットを作る。（任意）
　　５：シャットダウンしたいときに、そのショートカットを叩く。
　　　　（４を行わなかった場合、直接スタートアップ内のバッチを叩く）

　　　で、行けるはず…。