フォーマット変換したい時に見るためのページ (bioinformatics)

主にリンク集です

マルチ

EMBL-EBI Sequence Format Conversion

Web上のコンバータ、EMBOSS seqret と MView。あらゆるフォーマットが変換可能。
SeqretでInput/Output 可能なフォーマット　List Formats

bioconvert

Pythonプログラム、pip, condaインストール
Available Converters の図を見るとすごいけど動作未確認（すみません）

Genbank

Genbank to FASTA

• perlスクリプト gb2fasta.pl

• EMBOSS seqret Command line
  seqret in.gbk out.fasta

GFF3 to Genbank

• pythonスクリプト　gff_to_genbank.py

GFF3, GTF, BED

gffread

Cufflinks から独立してた

GFF3 to GTF

gffread my.gff3 -T -o my.gtf

GTF to GFF3

gffread -E my.gtf -g my_genome.fa -o my.gff3

GFF3 + Genome to FASTA (exons.fa, cds.fa and protein.fa)

gffread -E my.gff3 -g genome.fa -w my_exons.fa -x my_cds.fa -y my_protein.fa

BEDOPS

Data conversion （フォーマット変換できるものの説明）

GFF3 to BED

cat my.gff3 | gff2bed > my.bed

GTF to BED

cat my.gtf | gtf2bed > my.bed

sam to BED

cat myread1.sam | sam2bed > my.bed

wig to BED

cat my.wig | wig2bed > my.bed

NGS 周り（fastq, bam, sam, wig)

Seqkit

Usage

FASTQ to FASTA

seqkit fq2fa myreads.fq.gz -o myreads.fa.gz

samtools

sam to bam (with sorting)

samtools sort -O bam -o myreads1.bam myreads1.sam

Make index on bam

samtools index myreads1.bam

Augustus

bam to wig

python3 augustus_dir/scripts/bamToWig.py -b myreads1.bam -g genome.fa -o myreads1.wig

BED Graph to wig

perl augustus_dir/scripts/bedgraph2wig.pl --bedgraphfile=myreads1.bed --outputfile=myreads1.wig

BEDOPS

wig to BED,　sam to BED

上記参照