まずはEmbulkのプラグインを入れる

$ embulk gem install embulk-filter-timestamp_format

次にEmbulkの設定ファイルを書く
in(type: csv)では当該列はtype:stringとする
そして以下のフィルタを記述する

filters:
  - type: timestamp_format
    default_from_timestamp_format: ['%Y-%m-%d %H:%M:%S']
    default_from_timezone        : 'America/Chicago'
    stop_on_invalid_record       : true
    columns:
      - {name: mycolname, type: long}

これで実行すると、例えばCSVに2016-12-22 05:27:36と書いてある場合、TreasureDataには1482406056が入る
これを以下のようにRubyで確認すると、UTCなら6時間、JSTなら15時間ずれていることが確認できる

$ ruby -e 'puts Time.at(1482406056).utc'
2016-12-22 11:27:36 UTC
$ ruby -e 'puts Time.at(1482406056)'
2016-12-22 20:27:36 +0900
$ ruby -e "require 'time'; puts Time.parse('2016-12-22 20:27:36 +0900').to_i"   # おまけ
1482406056
$ ruby -e "require 'time'; puts Time.parse('2016-12-22 20:27:36 JST').to_i"     # おまけ
1482406056
$ ruby -e "require 'time'; puts Time.parse('2016-12-22 05:27:36 CST').getlocal" # おまけ
2016-12-22 20:27:36 +0900

わざわざフィルタを入れなくてもembulk-output-tdプラグインの以下のオプションで行けそうに思うが、値は1482406056になるものの、型がstring型になってしまい、断念

  default_timestamp_type_convert_to: sec

環境

$ embulk gem list|grep -i embulk
2016-12-26 15:44:33.104 +0900: Embulk v0.8.15
embulk-filter-timestamp_format (0.2.4)
embulk-input-td (0.1.0)
embulk-output-td (0.3.12)

stringになっちゃう件は、先にtd table:create・td schema:setをやっておけばいいのかも
プラグイン入れるのとどっちが楽かなぁ