Bootstrap4.1でチェックボックスの色を変えるのは簡単にできるが、ドキュメントに載っていなかったのでメモ。
<html>
<link rel="stylesheet" href="https://stackpath.bootstrapcdn.com/bootstrap/4.1.1/css/bootstrap.min.css" integrity="sha384-WskhaSGFgHYWDcbwN70/dfYBj47jz9qbsMId/iRN3ewGhXQFZCSftd1LZCfmhktB" crossorigin="anonymous">
<style>
.custom-checkbox .custom-control-input:checked ~ .custom-control-label::before {
background-color:red;
}
</style>
<body>
<div class="custom-control custom-checkbox">
<input type="checkbox" class="custom-control-input" id="customCheckBox1">
<label class="custom-control-label" for="customCheckBox1">Check this custom checkbox</label>
</div>
</body>
</html>
See the Pen Bootstrap Custom Checkbox by pikanji (@pikanji) on CodePen.