1.はじめに
ちょっとこれをやってみたかっただけ。
ChIP-Seq データの解析方法 Bowtie2 + MACS2
2.環境
・MacOS Mojave 10.14.3
・Anaconda３インストール
・Python3がデフォルト
基本condaで環境構築中
3.つまずいた
とりあえずcondaでインストール
https://anaconda.org/bioconda/macs2
command
$ conda install -c bioconda macs2
エラー・・・・・
↓こんなんでてきた・・・・
command
UnsatisfiableError: The following specifications were found
to be incompatible with the existing python installation in your environment:
Specifications:
- macs2 -> python[version='2.7.*|>=2.7,<2.8.0a0|>=2.7,<3']
Your python: python=3.7
If python is on the left-most side of the chain, that's the version you've asked for.
When python appears to the right, that indicates that the thing on the left is somehow
not available for the python version you are constrained to. Note that conda will not
change your python version to a different minor version unless you explicitly specify
that.
The following specifications were found to be incompatible with each other:
（以下略）
なにやらpython2やないとあかんとかなんとか。。。
（pip install macs2 でも同じようなエラーが出てきましたよ）
4.めんどくさいけどAnaconda３にPython2も使えるようにしてみた。
Python２は使うことないはず！！と勝手におもっていたが、避けられないようなのだ。
先人の知恵（参考URL)：
Anacondaでpythonのバージョンを使い分ける
5.改めまして、install
参考URLと同じですが。。。
command
#仮想環境にpython2をインストール
$ conda create -n py27 python=2.7 anaconda
#python2に切り替える
$ source activate py27
さて、インストールできるかな？
成功！！
command
#お目当のパッケージをインストール
$ conda install -c bioconda macs2
Python2の仮想環境を抜ける。（こちらは参考URLのsource deactivateではエラーになりましたが、下記コマンドで成功しました。）
$ conda deactivate
おわり
以上です！
解析が成功したかどうかはまた別のお話。。。
→conda install -c anaconda numpyが必要。とのことで、インストールしたが、エラー・・・。
uninstallして、再度conda install -c anaconda numpy==1.16.3で動いた！
（なぜかMACS2もuninstallされたので、再度install）
参考URL：https://www.reddit.com/r/bioinformatics/comments/bhlbx0/macs2_callpeak_error/