LoginSignup

This article is a Private article. Only a writer and users who know the URL can access it.
Please change open range to public in publish setting if you want to share this article with other users.

More than 5 years have passed since last update.

Galaxy ToolsのXML Schema について

Posted at

Galaxyのtoolを作成する場合には、ツールのインターフェイスをXMLで記述する必要がある

ツールのルートノードとなるのがツール
<tool>...</tool>
galaxyツールの記述については、全てこのノード内に記述する

Galaxy Toolsの推奨コーディングスタイル

planemoのBest Practices for Creating Galaxy Toolsより
<tool>内の各要素の記述について次の通り記述する

  • インデントには4文字のspaceを利用する
  • XML要素の記述の順序は次の通り
    • description
    • macros
    • requirements
    • [code]
    • stdio
    • version_command
    • command
    • environment_variables
    • configfiles
    • inputs
    • outputs
    • tests
    • help
    • citations
  • Cheetahのコード部分はPEP8に準拠する
  • Large XML tags should be broken into several lines
    • label and help can be on a new line
  • paramの名前は読みやすいものにする
    • ツールの長い名前のオプションを利用するなど
  • Cheetahの変数はダブルコーテーションで囲む
    • 例えば “${var_name}”
  • パラメータのアトリビュートは次の順に記述する
    • name
    • type
    • value | truevalue | falsevalue
    • [checked]
    • label
    • help
0

Register as a new user and use Qiita more conveniently

  1. You get articles that match your needs
  2. You can efficiently read back useful information
  3. You can use dark theme
What you can do with signing up