Galaxyのtoolを作成する場合には、ツールのインターフェイスをXMLで記述する必要がある

ツールのルートノードとなるのがツール
<tool>...</tool>
galaxyツールの記述については、全てこのノード内に記述する

Galaxy Toolsの推奨コーディングスタイル

planemoのBest Practices for Creating Galaxy Toolsより
<tool>内の各要素の記述について次の通り記述する

• インデントには4文字のspaceを利用する
• XML要素の記述の順序は次の通り
  • description
  • macros
  • requirements
  • [code]
  • stdio
  • version_command
  • command
  • environment_variables
  • configfiles
  • inputs
  • outputs
  • tests
  • help
  • citations
• Cheetahのコード部分はPEP8に準拠する
• Large XML tags should be broken into several lines
  • label and help can be on a new line
• paramの名前は読みやすいものにする
  • ツールの長い名前のオプションを利用するなど
• Cheetahの変数はダブルコーテーションで囲む
  • 例えば　“${var_name}”
• パラメータのアトリビュートは次の順に記述する
  • name
  • type
  • value | truevalue | falsevalue
  • [checked]
  • label
  • help