Help us understand the problem. What is going on with this article?

Galaxy サーバーをユーザー登録無しで利用してみよう

More than 1 year has passed since last update.

公共Galaxy サーバーを利用してみよう

GalaxyにログインしなくてもGalaxyの機能を利用できる

公共のGalaxyサーバーは複数存在するけれど、ここでは https://usegalaxy.org/
Screen Shot 2018-12-05 at 10.43.14.png
Galaxyサーバーを利用する事にする

ペイン(機能枠)について

左側のToolsペインには各種のツールが、右側のHistoryペインにはこれまでの解析やデータ等の履歴が表示される
Screen Shot 2018-12-05 at 10.43.14.png copy.png

上部のメニューには新規ユーザー登録やログインするための"Login or Register"等が表示されているが、気にせずにまずはこのまま利用してみよう
Screen Shot 2018-12-05 at 10.43.14.png copy.png

塩基データをfasta形式でNCBIから取得する

ToolsペインのGet Data をクリックしすると、Get Dataカテゴリーに含まれるツールの一覧が表示される。更に Upload File from your computerをクリックする

Screen Shot 2018-12-05 at 10.51.21.png

以下、同様の手順を次の様にして示すことにする
Get Data => Upload File from your computer

Upload File from your computerを利用してデータを登録する

適当なFasta配列をGalaxyに登録するために、Entrezのfetch api を利用してみる
GenbankのIDを指定してFasta配列を取得してみよう
Upload Fileをクリックして開いたウィンドウの画面右下部の"Paste/Fetch data"ボタンをクリック
Screen Shot 2018-12-05 at 11.02.41.png

Screen Shot 2018-12-05 at 11.03.56.png

上の画面上の領域に次の内容をコピーアンドペーストする

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=M24811&rettype=fasta&retmode=text

Typeのドロップダウンリストを"fasta"に変更し、ウィンドウの右下の"Start"をクリック
Screen Shot 2018-12-05 at 11.06.03.png

Statusが100%になったら"Close"をクリックする
Screen Shot 2018-12-05 at 11.18.20.png

Historyペインにダウンロードの履歴が表示される
Screen Shot 2018-12-05 at 11.21.21.png
場合によっては、この部分の背景が黄色で実行中を示している事があるかもしれない
その時は実行が終了するまで少し待ってみよう

Blastの実行

先程登録したFastaの配列にBLASTツールを利用してホモロジーサーチを行ってみよう

NCBI BLAST+ => NCBI BLAST + blastn Search nucleotide database with nucleotide query sequence(s)

ちょっと、見つけ難いかもしれないので、念のために手順を説明する
Toolsペインを下方向にスクロールして、NCBI BLAST+を探してクリックする
Screen Shot 2018-12-05 at 11.26.33.png

さらに、Toolsペインを下方向にスクロールしてNCBI BLAST + blastn Search nucleotide database with nucleotide query sequence(s)をクリックする
Screen Shot 2018-12-05 at 11.28.48.png

Nucleotide query sequence(s)のドロップダウンリストに先程の配列が指定されていることを確認して、Nucleotide BLAST databaseの "Select/Unselect all"のチェックボックスにチェックを入れる
Screen Shot 2018-12-05 at 11.32.57.png

参照可能な配列がボックス内に表示されるので"phiX174"以外の"x"部分をクリックして他の配列を対象から外す
更に、Type of BLASTのラジオボタンで "blastn-short - BLASTN program optimized for sequences shorter than 50 bases"をクリックする
Screen Shot 2018-12-05 at 11.33.06.png
(間違えて、"phiX174"を消してしまった時は、"Select/Unselect all"のチェックボックスを2回クリックしてやり直そう)

"Execute"をクリックして実行
Screen Shot 2018-12-05 at 11.33.14.png

次のような画面でBLASTが実行待ちになる事が確認できるScreen Shot 2018-12-05 at 11.41.03.png
終了までにかかる時間はGalaxyサーバーの混雑具合によって異なるので、慌てずしばらく待ってみよう

Historyペインの表示が緑になったら終了
Screen Shot 2018-12-05 at 11.43.08.png

目玉の形のアイコン(View data)をクリックして結果を確認しよう
Screen Shot 2018-12-05 at 11.44.49.png

ここでの出力結果は重要では無いので、処理時間の節約のためにPhiXの配列の一部をPhiXと比較している

このようにして、未登録のユーザーでもGalaxyのツールを利用する事ができる

Entrez Programming Utilitiesについて

ここで利用しているEFetch
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgiに関する詳細は次のリンクを参照してほしい
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/#_chapter4_EFetch_

今回は下記の記述で、配列データをGenBankからfasta形式で取得している

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=M24811&rettype=fasta&retmode=text
パラメータ 指定内容 今回の値
db データベース名 nuccore
id 取得するデータベース上のID M24811
rettype データの出力フォーマット fasta
retmode サーバーから転送時のデータ形式 text

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M24811.1/ 

今回はここまで:smile:

Why not register and get more from Qiita?
  1. We will deliver articles that match you
    By following users and tags, you can catch up information on technical fields that you are interested in as a whole
  2. you can read useful information later efficiently
    By "stocking" the articles you like, you can search right away