Edited at
GalaxyDay 5

Galaxy サーバーをユーザー登録無しで利用してみよう


公共Galaxy サーバーを利用してみよう


GalaxyにログインしなくてもGalaxyの機能を利用できる

公共のGalaxyサーバーは複数存在するけれど、ここでは https://usegalaxy.org/

Screen Shot 2018-12-05 at 10.43.14.png

Galaxyサーバーを利用する事にする


ペイン(機能枠)について

左側のToolsペインには各種のツールが、右側のHistoryペインにはこれまでの解析やデータ等の履歴が表示される

Screen Shot 2018-12-05 at 10.43.14.png copy.png

上部のメニューには新規ユーザー登録やログインするための"Login or Register"等が表示されているが、気にせずにまずはこのまま利用してみよう

Screen Shot 2018-12-05 at 10.43.14.png copy.png


塩基データをfasta形式でNCBIから取得する

ToolsペインのGet Data をクリックしすると、Get Dataカテゴリーに含まれるツールの一覧が表示される。更に Upload File from your computerをクリックする

Screen Shot 2018-12-05 at 10.51.21.png

以下、同様の手順を次の様にして示すことにする

Get Data => Upload File from your computer


Upload File from your computerを利用してデータを登録する

適当なFasta配列をGalaxyに登録するために、Entrezのfetch api を利用してみる

GenbankのIDを指定してFasta配列を取得してみよう

Upload Fileをクリックして開いたウィンドウの画面右下部の"Paste/Fetch data"ボタンをクリック

Screen Shot 2018-12-05 at 11.02.41.png

Screen Shot 2018-12-05 at 11.03.56.png

上の画面上の領域に次の内容をコピーアンドペーストする

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=M24811&rettype=fasta&retmode=text

Typeのドロップダウンリストを"fasta"に変更し、ウィンドウの右下の"Start"をクリック

Screen Shot 2018-12-05 at 11.06.03.png

Statusが100%になったら"Close"をクリックする

Screen Shot 2018-12-05 at 11.18.20.png

Historyペインにダウンロードの履歴が表示される

Screen Shot 2018-12-05 at 11.21.21.png

場合によっては、この部分の背景が黄色で実行中を示している事があるかもしれない

その時は実行が終了するまで少し待ってみよう


Blastの実行

先程登録したFastaの配列にBLASTツールを利用してホモロジーサーチを行ってみよう

NCBI BLAST+ => NCBI BLAST + blastn Search nucleotide database with nucleotide query sequence(s)

ちょっと、見つけ難いかもしれないので、念のために手順を説明する

Toolsペインを下方向にスクロールして、NCBI BLAST+を探してクリックする

Screen Shot 2018-12-05 at 11.26.33.png

さらに、Toolsペインを下方向にスクロールしてNCBI BLAST + blastn Search nucleotide database with nucleotide query sequence(s)をクリックする

Screen Shot 2018-12-05 at 11.28.48.png

Nucleotide query sequence(s)のドロップダウンリストに先程の配列が指定されていることを確認して、Nucleotide BLAST databaseの "Select/Unselect all"のチェックボックスにチェックを入れる

Screen Shot 2018-12-05 at 11.32.57.png

参照可能な配列がボックス内に表示されるので"phiX174"以外の"x"部分をクリックして他の配列を対象から外す

更に、Type of BLASTのラジオボタンで "blastn-short - BLASTN program optimized for sequences shorter than 50 bases"をクリックする

Screen Shot 2018-12-05 at 11.33.06.png

(間違えて、"phiX174"を消してしまった時は、"Select/Unselect all"のチェックボックスを2回クリックしてやり直そう)

"Execute"をクリックして実行

Screen Shot 2018-12-05 at 11.33.14.png

次のような画面でBLASTが実行待ちになる事が確認できるScreen Shot 2018-12-05 at 11.41.03.png

終了までにかかる時間はGalaxyサーバーの混雑具合によって異なるので、慌てずしばらく待ってみよう

Historyペインの表示が緑になったら終了

Screen Shot 2018-12-05 at 11.43.08.png

目玉の形のアイコン(View data)をクリックして結果を確認しよう

Screen Shot 2018-12-05 at 11.44.49.png

ここでの出力結果は重要では無いので、処理時間の節約のためにPhiXの配列の一部をPhiXと比較している

このようにして、未登録のユーザーでもGalaxyのツールを利用する事ができる


Entrez Programming Utilitiesについて

ここで利用しているEFetch

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgiに関する詳細は次のリンクを参照してほしい

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/#_chapter4_EFetch_

今回は下記の記述で、配列データをGenBankからfasta形式で取得している

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=M24811&rettype=fasta&retmode=text

パラメータ
指定内容
今回の値

db
データベース名
nuccore

id
取得するデータベース上のID
M24811

rettype
データの出力フォーマット
fasta

retmode
サーバーから転送時のデータ形式
text

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M24811.1/ 

今回はここまで:smile: