Edited at
GalaxyDay 8

GalaxyのHistory機能とは


Historyについて

Galaxyを利用する上でHistoryはとても重要

Screen Shot 2018-12-03 at 16.29.07.png


Historyの役割

Historyは次のような役割を担っている


入力データの置き場所

解析を行うデータをGalaxyサーバーにアップロードすると、そのファイルはHistory上に配置される

Screen Shot 2018-12-08 at 14.12.40.png


出力データの置き場所

解析結果の出力データもHistory上に配置される

Screen Shot 2018-12-08 at 14.13.42.png


解析ツール(Tool)による処理の履歴

どの入力ファイルにどの解析ツールを利用し、どのようなパラメータを与えてどの順番で解析を実行したかがHistory上に残る

Historyを利用する事で後から手順を全て確認することができる

Historyペインの履歴情報では見通しが悪い場合に、Historyペインの処理について詳細を一覧する事もできる

ペインの右上の⚙のマーク(History options)をクリック

Screen Shot 2018-12-08 at 14.19.24.png

ドロップダウンリストから"Show Structure"をクリックすると中央のペインに処理の詳細が表示される

(ヒストリーの項目数が大いと表示されるまでに時間がかかる)

Screen Shot 2018-12-08 at 14.18.14.png


解析処理の状態表示

データのアップロードや解析処理の現在の状況を確認できる

処理待ち(灰色)、処理中(黄色)、処理終了(緑色)、処理時のエラー(赤色)等をHistory上の各パネルの色で確認する事ができる

Screen Shot 2018-12-08 at 14.27.17.png


解析処理のグループ分け

Historyを複数作成して切り替えることができるので、解析処理のグループ分けが行える

Historyペインの"View all histories"をクリックする

Screen Shot 2018-12-08 at 14.13.42.png

現在存在するHistoryが表示される

Screen Shot 2018-12-08 at 14.37.57.png

多数存在する際は横方向にスクロールして表示可能


  • 新たにHistoryを作成する場合には右上の"Create New"をクリック

  • 既存の別のHistoryを選択する場合には、各Historyタブの"Switch to"をクリック

解析画面に戻るには上部メニューの"Analyze Data"をクリックする


解析処理等の共有

Historyを他のユーザに公開したり、他のユーザーのHistoryをコピーする事ができる


解析手順を元にしたWorkflowの作成

実行した解析処理を元にWorkflowを自動的に生成できる

一つのサンプルを元に処理を実行してWorkflowを作成し、他のサンプルで同じワークフローを利用する事が可能

というようにGalaxyを利用する上でHistoryの機能を理解しておく事がとても重要

History機能の詳細はGalaxy TutorialsのHistories(英語)を参照して欲しい

今回はここまで:smile: