2. cromwell でCWLを実行してみる

cwlが実行可能はcromwellのイメージを作成する

1. cromwell でCWLを実行してみるの環境のDocker imageを作成する

cwlが実行可能なdocker imageを作成するためのDockerfile

Dockerfile

From ubuntu
MAINTAINER Percipere
RUN apt-get update
RUN apt -y upgrade
RUN apt-get -y install openjdk-8-jre
RUN apt-get -y install curl
RUN apt-get -y install python3
RUN apt-get -y install python3-pip
RUN apt-get -y install git
RUN git clone https://github.com/common-workflow-language/cwltool.git
RUN pip3 install ./cwltool 
RUN apt-get -y install vim

RUN useradd -ms /bin/bash cromwell
USER cromwell
WORKDIR /home/cromwell

RUN curl -LO https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases/download/32/cromwell-32.jar
RUN ln -s ./cromwell-32.jar ./cromwell.jar

CMD /bin/bash

docker imageの作成

上記のDockerfileを作成したディレクトリでdocker buildを実行する

$ docker build -t cromwell .

dockerコンテナの実行

作成されたイメージをもとにcrowmellを実行する

$ docker run -it cromwell

以下はDocker内部での作業

cromwellの動作を確認

cromwell@4095de5a46e4:~$ pwd
/home/cromwell
cromwell@4095de5a46e4:~$ java -jar cromwell.jar --version
cromwell 32

cromwell でCWLを実行してみる その1
で利用したcwlのファイルを利用して、cwlのワークフローを実行
(一部省略...)

cromwell@4095de5a46e4:~$ java -jar cromwell.jar run --type cwl --inputs echo-job.yml 1st-tool.cwl 
...
[2018-05-30 08:47:57,44] [info] SingleWorkflowRunnerActor workflow finished with status 'Succeeded'.
{
  "outputs": {

  },
  "id": "00866459-8bbc-454c-9954-fa9f5a6548a6"
}
...
[2018-05-30 08:48:00,61] [info] Shutdown finished.

ワークフローの動作を確認

今回はここまで