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@percipere

Galaxyでカンマ区切りをタブ区切りに変換してみよう

More than 3 years have passed since last update.

データ処理を始める前に、タブで区切られていないデータファイルをタブ区切りに変換しよう。

変換元のデータは次の通り
Screen Shot 2017-12-07 at 11.02.54.png

画面の右の"History"にあるデータの区切りをタブに変換するには、"Tools"の"Text Manipulation"をクリック
TextManipulation.png

展開された中から"Convert Delimiters to TAB"をクリック
TextManipulation_ConvertDelimitersToTab.png

"Convert All"のフィールドで元の区切り文字を選ぶ
TextManipulation_ConvertDelimitersToTab_ConvertAll.png

ここではカンマを選択
TextManipulation_ConvertDelimitersToTab_ConvertAll_SelectComma.png

カンマ以外に次のような文字を区切りとして選べる

区切り文字 指定する方法
(空白) Whitespaces
(タブ) Tabs
. Dots
, Commas
- Dashes
Pipes
: Colons
; Semicolons

変換したいファイルを"In Dataset"で指定する
TextManipulation_ConvertDelimitersToTab_SelectFile.png

"Condense consecutive delimiters in one TAB"(連続する区切り文字をひとまとめのTABにする)をNo に変更する
TextManipulation_ConvertDelimitersToTab_No_Consecutive.png
"Condense consecutive delimiters in one TAB"をYesだと、データが何も無い場合にカラムの位置がずれてしまう

"Execute"で実行
TextManipulation_ConvertDelimitersToTab_Execute.png

結果を確認するために、画面右側の"History"の目玉のアイコンをクリック
TextManipulation_ConvertDelimitersToTab_ViewData.png

TAB区切りとなって、データがテーブルとして認識されると少し見やすく表示される
TextManipulation_ConvertDelimitersToTab_Result.png
特定のカラムを取り出したり、集計したりという処理を行うにはTAB区切りでデーターを格納している事がとても重要

今日はここまで:smiley:

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