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GalaxyAdvent Calendar 2017

Day 13

Galaxyでタブ区切りのデータファイル2つを利用してデータを抽出してみよう

Last updated at Posted at 2017-12-12

2つのテーブルの特定のコラムを元に、どちらのテーブルにも含まれているものを抽出してみよう

比較対処は次のようなデータ
Screen Shot 2017-12-12 at 22.25.11.png
1番目のデータ(右)と2番目のデータ(左)の、左端から6番目のカラムを比較して値が一致する1番目のデータの行を抜き出す

左の領域から"Join Subtract and Group"をクリック
JoinSubtractAndGroup.png

"Compare two datasets"をクリック
JoinSubtractAndGroup_CompareTwoDataSet.png

"Compare"ドロップダウンリストで1番目のデータを選択
JoinSubtractAndGroup_CompareTwoDataSetCompare.png

  • "Using column"ドロップダウンリストで1番目のデータのコラムを指定
  • "against"ドロップダウンリストで比較対象とする2番目のデータを指定
  • "and column"ドロップダウンリストで1番目のデータと対応する2番目のデータのコラムを指定
  • "To find"フィールドで比較方法を指定。ここでは"Matching rows of 1st dataset"を選択することで、1番目のデータの指定したコラムと2番めのデータの指定したコラムが同じ物を抽出してみる
  • フィールドを確認して、"Execute"をクリック

JoinSubtractAndGroup_CompareTwoDataSetCompare_Execute.png

結果を確認
JoinSubtractAndGroup_CompareTwoDataSetCompare_Execute_Result.png

今日はここまで :smiley:

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