0. cromwell でCWLを実行してみる

cromwell

cromwellとは何か?

cromwell はワークフロー(Workflow)の実行エンジン

Broad Institute のワークフロー記述言語WDL(ウィドゥル)で記述されたワークフローの実行エンジン

cromwellの実行に必要な環境

• Unix環境
• Java 8のランタイム

今回はこの環境をDockerを利用して構築し、その上でcromwellの動作を確認する

cromwellの実行環境の構築

Dockerが利用可能な環境下でまず、ubuntu:latestを取得

$ docker pull ubuntu:latest

取得したイメージを利用して環境を構築する

$ docker run -it ubuntu:latest

以下はDocker内のubuntu環境で実行する

ubuntuのバージョン確認

# cat /etc/lsb-release
DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=18.04
DISTRIB_CODENAME=bionic
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 18.04 LTS"

念のため、ubuntuの環境をアップデート

# apt update
# apt -y upgrade 

Java 8 ランタイムのインストール

openjdk-8-jreをインストール

# apt-get -y install openjdk-8-jre

javaのバージョンを確認

# java -version
openjdk version "1.8.0_171"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.8.0_171-8u171-b11-0ubuntu0.18.04.1-b11)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 25.171-b11, mixed mode)

ついでに curl をインストールする

# apt-get -y install curl

cromwell を取得

cromwell.jarを取得して、シンボリックリンクを作成

# curl -LO https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases/download/32/cromwell-32.jar
# ln -s ./cromwell-32.jar ./cromwell.jar

cromwellの動作を確認する

# java -jar cromwell.jar --version
cromwell 32

サンプルの実行

CromwellのQuick Introductionに記載のWDLの簡単なサンプルを実行してみる

echoコマンドを利用してhello worldの文字列を標準出力に出力するというもの

myWorkflow.wdl

workflow myWorkflow {
    call myTask
}

task myTask {
    command {
        echo "hello world"
    }
    output {
        String out = read_string(stdout())
    }
}

サンプルのワークフローを実行する
(出力結果の一部を省略...)

# java -jar cromwell.jar run myWorkflow.wdl
[2018-05-30 06:10:23,18] [info] Running with database db.url = jdbc:hsqldb:mem:3416168e-ddee-4563-a493-6180bfbc6cda;shutdown=false;hsqldb.tx=mvcc
[2018-05-30 06:10:27,62] [info] Running migration RenameWorkflowOptionsInMetadata with a read batch size of 100000 and a write batch size of 100000
[2018-05-30 06:10:27,63] [info] [RenameWorkflowOptionsInMetadata] 100%
[2018-05-30 06:10:27,70] [info] Running with database db.url = jdbc:hsqldb:mem:4b412c57-0ac1-4334-b7b3-da57f7e88dab;shutdown=false;hsqldb.tx=mvcc
[2018-05-30 06:10:28,06] [info] Slf4jLogger started
[2018-05-30 06:10:28,26] [info] Workflow heartbeat configuration:
{
  "cromwellId" : "cromid-c949801",
  "heartbeatInterval" : "2 minutes",
  "ttl" : "10 minutes",
  "writeBatchSize" : 10000,
  "writeThreshold" : 10000
}
[2018-05-30 06:10:28,51] [info] Metadata summary refreshing every 2 seconds.
[2018-05-30 06:10:28,54] [info] WriteMetadataActor configured to flush with batch size 200 and process rate 5 seconds.
...
...
[56662e52myWorkflow.myTask:NA:1]: Status change from - to Done
[2018-05-30 06:10:35,23] [info] WorkflowExecutionActor-56662e52-0ded-4da9-b69b-23afd8b6595c [56662e52]: Workflow myWorkflow complete. Final Outputs:
{
  "myWorkflow.myTask.out": "hello world"
}
[2018-05-30 06:10:35,25] [info] WorkflowManagerActor WorkflowActor-56662e52-0ded-4da9-b69b-23afd8b6595c is in a terminal state: WorkflowSucceededState
[2018-05-30 06:10:40,06] [info] SingleWorkflowRunnerActor workflow finished with status 'Succeeded'.
{
  "outputs": {
    "myWorkflow.myTask.out": "hello world"
  },
  "id": "56662e52-0ded-4da9-b69b-23afd8b6595c"
}
[2018-05-30 06:10:43,60] [info] Workflow polling stopped
...
...
[2018-05-30 06:10:43,71] [info] Shutdown finished.

wdlの動作が確認できた

今回はここまで