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GalaxyDay 11

Galaxy Serverを手元のコンピューターで動かしてみよう


Galaxy Serverを手元のコンピューターで動作させてみよう

前回はGalaxyの公共サーバーで動作させる方法について触れたので、今回は手元のコンピューターで手軽にGalaxyを動作させる方法について紹介する

一からGalaxyをインストールして手元で動作させる方法に比べて、DockerやVirtual Machineを利用する方がずっと容易なので、ここではDockerを利用する方法に基づいて紹介する


DockerでGalaxyを利用しよう


Dockerを手元のコンピューターにインストール

まずはDockerを手元のコンピューターにインストールする

Docker Inc. で OS X用やWindows用のDockerを入手できる

ユーザー登録してインストールしよう

https://www.docker.com/products/docker-desktop

Dockerそのもののインストール手順については多くの人が書いているので、詳細はその記事を参照して欲しい


Galaxyの環境構築

OS XやLinux上で動作させるなら

@youyuh48 さんの記事バイオインフォマティクス解析環境のGalaxyをMacのDockerで動かしてみるを参照しよう

Windowsで動作させる場合も基本的には同じだがディレクトリの指定方法等が異なるので、Windows 上で Dockerを利用する解説に従って欲しい


Galaxyが動作したら必ずすること


admin のパスワードを変更する

まずはadminのパスワードを変更しよう

Docker imageを最初に起動した際には管理権限を持っているユーザーが

ID: admin@galaxy.org

password: admin

で利用できる

手元のPC以外からアクセスしたユーザーに上記の管理権限を利用されないために、adminユーザーのパスワードを変更しておこう

まずは上記のIDとpasswordでgalaxyにログイン

ログイン後上部メニューの

User => Preferenceをクリックし

表示されるウィンドウの"Change password"をクリックしてパスワードを変更しておく

これでとりあえず手元のコンピューターでGalaxyが動作するようになった

今回はここまで:smile: