症状

スクリプトはフォルダ内に存在していて、Unityからも確認できるがVisual StudioなどのIDEから参照できなくなる。
プロジェクトの再ビルドや再起動でも治らない。

結論

フォルダ名を"Editor"にしていた為。フォルダ名を変更するのが速い。

エラーから辿っていろいろ探ったけど原因がシンプルだったため、備忘録的な。
エラー自体はパスが間違っている～とかアセンブリがビルドされていない～とかそんなところ。
いろいろ調べていくうちに、凡ミスに気付いた。

Unity側がエディタースクリプトを扱うためにフォルダ名"Editor"を予約している。
そのため、扱うスクリプトによってはエラーとなることも。
同様に"Resources"フォルダや"Plugins"フォルダなども稀にですが、エラーが出る。

フォルダ名に"Editor"を用いたくて、IDEからでも参照できるようにするためにはアセンブリ定義など回避方法があるっぽいが
今回、自分のケースだとこのフォルダ名である必要はない為,
詳しく調べてない。