multi-fastaファイルは配列が途中で改行されている場合があります。grepなどで任意の配列を抽出する場合は改行のない方が望ましいです。

簡単に変換する方法がないかと検索するとマルチファスタの改行をとる(perl、awk)にawkを用いた下記のワンライナーを掲載されている方がおられました。

cat input.fasta | awk '{if ($1 ~ /^>/) print "\n"$1; else printf $1}' > output.fasta

ただ、実際に実行してみると1行目に空白が入ってしまいます。

対応として、このワンライナーに続けてsedコマンドで1行目を削除することで、目的のfastaファイルを作成できました。

cat input.fasta | awk '{if ($1 ~ /^>/) print "\n"$1; else printf $1}' | sed -e '1d' > output.fasta