細菌種が任意の遺伝子を持っているかKEGGで確認する

背景

KEGGは代謝パスウェイ解析のためのデータベースというイメージが強いですが、ある細菌種が特定の遺伝子を持っているかweb上で簡易に検索することもできます。NCBIのgeneデータベースでも行えるのですが、注目していない細菌種や株もヒットするため、さっと調べるだけならKEGGの方が使いやすいように思います（僕がNCBI geneの使い方分かってないだけかも）。

方法

1. KEGGのサイトに行き細菌種名を入れて検索します。ここでは「Escherichia coli」とします。

1. 「KEGG GENOME」に株名が表示されるので見たい株名をクリックします。ここではk-12 MG1655にします。

1. 「Annotation」の「Show organism」をクリックします。

1. Search genesの欄に検索したい遺伝子名を入力します。ここではyjhEとします。Ensembl Bacteriaのゲノムブラウザで確認すると、この遺伝子はpseudo geneとして登録されています。


1. 検索の結果、pseudogeneであるとの表示が出ます。「b4282」をクリックすると詳細な情報が得られます。

1. 試しにyjhE上流にあるyjhC（ゲノムブラウザ上で機能遺伝子と表示されています）を検索するとpseudo geneではなく遺伝子機能が表示されます。