背景

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）は代謝パスウェイなど分子間のネットワーク情報を中心に構成されたデータベースです。対応する生物種も広く、ウェブページをクリックしていくことで、自分の関心のある生物種がどのような代謝パスウェイを有しているのか調べることができます。

方法

KEGGにアクセスし、「KEGG GENOME」をクリックします。

検索欄に代謝パスウェイを調べたい生物種を入力します。今回はセルロース分解菌としてよく研究されている「Trichoderma reesei」を入力しました。「Go」をクリックします。

2株ヒットしました。今回は1つ目の「Trichoderma reesei QM6a」をクリックします。

この生物種の概要が表示されます。Annotation欄の「Show organism」をクリックします。

「Pathway map」をクリックします。

代謝パスウェイの一覧が表示されます。セルロース分解が含まれる「Starch and sucrose metabolism」をクリックします。

結果

選択した代謝パスウェイの全体像が表示されます。選択した生物種が有している酵素の遺伝子は緑色でハイライトされます。セルロースの分解酵素としてはendoglucanase[EC:3.2.1.4]や1,4-beta-cellobiosidase[EC:3.2.1.91]が知られていますが、どちらも有していることが分かります。EC番号はKEGG内のその酵素のページにリンクされています。

同様の手順で大腸菌K-12 MG1655の「Starch and sucrose metabolism」を表示させると、それらの酵素を有していないことが分かります。