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古いRでBioconductorのパッケージをインストールする

Last updated at 2020-06-17Posted at 2020-05-12

現在、RのBioconductorのパッケージは下記のようにBiocmanagerでインストール可能であるが、古いバージョンのRだと動かないことがある（動かなくても特にエラーメッセージは出ない）。

# 環境
sessionInfo()
R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS  10.14.1

# 通常のインストール方法
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
+         install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("インストールしたいパッケージ名")

その場合、biocLiteでインストールすることができる。

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
BiocInstaller::biocLite("インストールしたいパッケージ名")

解決方法を探すのに時間かかったが、公式ドキュメントの下部に記載してあった。きちんとドキュメントを読むのが大事。

そもそもRをバージョンアップすれば良いだけの話だが、動かなくなるパッケージがあると思うと二の足を踏んでしまう。