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Ensembl Bacteriaゲノムブラウザで細菌のゲノムを見る

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  1. Ensembl Bacteriaのサイトに行き、Search for a genomeに見たい細菌種名を入力して検索します。ここではEscherichia coli str. K-12 substr. MG1655とします。
Ensembl_Bacteria.png
  1. ヒットした細菌種(株)が出てくるのでクリックします。
Species_List.png
  1. 見たい領域が決まっている場合、遺伝子名か「 Chromosome:2750115-2750708」のようにポジションを入力します。ここではpseudo geneの「yjhE」を検索してみます。
Escherichia_coli_str__K-12_substr__MG1655_-_Ensembl_Genomes_47.png
  1. Locatioinをクリックします。
yjhE_-_Search_results_for__yjhE__-_Escherichia_coli_str__K-12_substr__MG1655_-_Ensembl_Genomes_47.png
  1. ゲノム上の位置や塩基配列がグラフィカルに表示されます。検索した遺伝子名でラベルされた配列を見たいときは、左上の「Gene」タブをクリックします。
Chromosome__4_506_812-4_507_158_-_Region_in_detail_-_Escherichia_coli_str__K-12_substr__MG1655_-_Ensembl_Genomes_47.png
  1. 遺伝子の説明の下に遺伝子名がラベルされた配列が表示されます。この図は表示させる情報をカスタマイズしたり、画像ファイルとしてエクスポートすることが可能です。
Gene__yjhE__b4282__-_Summary_-_Escherichia_coli_str__K-12_substr__MG1655_-_Ensembl_Genomes_47.png
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