JaCoCoはシャットダウンフックで結果をファイルに書き出す操作となっていますが、
eBuilderからresinを起動、停止してもファイルが出力されないので、どうやらシャットダウンフックが動作していないみたいです。（2019頃の記憶）
結果ファイルを出力するには下記手順が必要みたいです。
≪手順≫
① eBuilderのサーバー起動構成のVM引数に jmx=true を追加
＜サンプル＞
-javaagent:D:/tools/jacoco/jacoco-0.7.5.201505241946/lib/jacocoagent.jar=jmx=true,destfile=D:/tools/jacoco/jacoco-0.7.5.201505241946/lib/jacoco.exec,includes=jp.co.intra_mart.*
※ jacocoのjarと実行ファイルのパスは環境に合わせてください
② eBuilderからサーバー(Resin)を起動
③ 画面操作を行う
④ JMXでorg.jacoco:type=Runtimeのdumpメソッドを実行
1. 【JAVA_HOME】\bin\jconsole.exe を起動し、実行中のresinに接続
2. [MBean]タブのツリーから以下の画面を開く
org.jacoco - Runtime - 操作
3. 右ペインの[dump]ボタンを押下
で出力されると思います